Problema al procesar un articulo con lotes diferentes en la misma fact. de compra

Buenos dias. Le instale el sistema a un cliente mio q es farmacia, y tengo el siguiente problema:
En la factura de la drogueria, me viene el mismo medicamento pero con 2 lotes y vencimientos distintos, y no puedo registrar sino 1 lote por articulo porque si vuelvo a adicionar el mismo articulo que procese anteriormente para colocarle el otro numero de lote el sistema de indica que el articulo ya ha sido procesado en una linea de esa factura, por lo tanto debo eliminarlo para poder incluir el mismo articulo con el otro numero de lote.
Como podria hacer en ese caso sin perder un numero de lote. Gracias