Correlativo del número de factura en el sistema es diferente al de la impresora fiscal.

Buenas tardes, de vez en cuando al mandar a imprimir una factura fiscal el sistema me muestra un error de que ha perdido o no hay comunicación entre la pc y la impresora y luego se cierra el programa, luego al iniciar de nuevo el sistema éste funciona e imprime sin problemas, pero esto ocasiona que el número de factura del sistema aumente y el de la impresora fiscal no, así que por ejemplo el número en el sistema es de 1000 y el de la impresora fiscal es de 995. ¿Cual sería el procedimiento para corregir esa situación? y ¿Cual sería el procedimiento para cuando me vuelva a pasar otra interrupción de esas?